Библиотеката е създадена през 1918 г. в София след откриването на Медицинския факултет към СУ „Св. Климент Охридски“. За първи щатен и единствен библиотекар е назначена Мария Абрамович. В началото със скромен библиотечен фонд от частни дарения, с течение на времето през 1944 г. той вече е над 60 000 тома.  С отделянето на Медицинския факултет от Софийския университет и създаването на ВМИ - София, като самостоятелно висше учебно заведение Библиотеката също прераства в самостоятелна университетска библиотека. С Министерско постановление № 167 през 1957 г. тя става Централна библиотека по медицина. Създават се и филиални библиотеки към двата факултета – Стоматологичен и Фармацевтичен, както и към клиниките и катедрите. Фондовете бързо нарастват и това налага трикратно преместване на Библиотеката: през 1950, 1952 и 1975 г.

През 1968 г. Централна медицинска библиотека (ЦМБ) е определена за депозитна библиотека по медицина. От 1970 г. с Министерско постановление № 2 библиотеката е призната за Централна отраслова библиотека по медицина, а през 1973 г. е определена за база на Националната система за научна медицинска информация. Сградата на бул. “Г. Софийски” № 1 е предоставена на ЦМБ с Акт № 7962 за държавна собственост на недвижим имот от 17.04.1978 г.

Днес като звено в академичната структура на Медицински университет - София, ЦМБ обезпечава образователната дейност и осигурява достъп до библиотечните фондове и информационни ресурси.

Библиотеката притежава фонд от над 330 хил. тома книги, учебници, атласи, монографии, дисертации, периодични и справочни издания на български и чужди езици. Разполага с две читални и компютърна зала с общо 110 читателски места. Читателите имат възможност да ползват всички форми на библиотечно обслужване. Осигурен е достъп до интернет, вкл. безжичен, както и отдалечен достъп до библиотечните електронни ресурси.

ЦМБ поддържа автоматизирана библиотечно-информационна система, електронен каталог и дигитален институционален архив – репозиториум.

Създадена е и се актуализира библиографска база данни - Българска медицинска литература (БМЛ). В нея са включени статии от българските научни медицински списания. 

В отдел “Научна медицинска информация”, се подготвят и издават периодични издания на МУ-София. Това са многопрофилни и тяснопсециализирани научни медицински списания, познати на няколко поколения български лекари. В уеб страницата на библиотеката те са представени в реферативен вариант. Част от периодичните издания се реферират в бази данни като: CABI – Global Health database, EMBASE, Scopus, EBSCO. Извършва се и предпечатна подготовка на списания на научни медицински дружества, както и на множество монографии, учебници, дисертации и др.  

Принос за развитието и оптимизирането на библиотечните дейности през годините има целият екип от квалифицирани библиотекари, библиографи и информационни специалисти, както и нейните директори Вера Кюлюмова, Надежда Къдрева, д-р Виктория Пенчева, д-р Петър Дабчев, д-р Лидия Тачева.